JARID2

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
5HYN

Ідентифікатори

Символи

JARID2, JMJ, jumonji and AT-rich interaction domain containing 2

Зовнішні ІД

OMIM: 601594 MGI: 104813 HomoloGene: 31279 GeneCards: JARID2

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • chromatin binding • histone demethylase activity • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • transcription factor binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • methylated histone binding • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity
Клітинна компонента	• ESC/E(Z) complex • нуклеоплазма • клітинне ядро • histone methyltransferase complex • мітохондрія
Біологічний процес	• диференціація клітин • negative regulation of histone methylation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • thymus development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • spleen development • transcription, DNA-templated • stem cell differentiation • multicellular organism development • central nervous system development • negative regulation of gene expression, epigenetic • regulation of cell population proliferation • liver development • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of cell population proliferation • positive regulation of histone H3-K9 methylation • negative regulation of cardiac muscle hypertrophy • cellular response to leukemia inhibitory factor • negative regulation of cardiac muscle cell proliferation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • histone demethylation • ремоделювання хроматину • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


3720


16468

Ensembl


ENSG00000008083


ENSMUSG00000038518

UniProt


Q92833


Q62315

RefSeq (мРНК)


NM_001267040 NM_004973


NM_001205043 NM_001205044 NM_021878 NM_001360281

RefSeq (білок)


NP_001253969 NP_004964


NP_001191972 NP_001191973 NP_068678 NP_001347210

Локус (UCSC)

Хр. 6: 15.25 – 15.52 Mb

Хр. 13: 44.88 – 45.08 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

JARID2 (англ. Jumonji and AT-rich interaction domain containing 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 246 амінокислот, а молекулярна маса — 138 734^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSKERPKRNI	IQKKYDDSDG	IPWSEERVVR	KVLYLSLKEF	KNSQKRQHAE
GIAGSLKTVN	GLLGNDQSKG	LGPASEQSEN	EKDDASQVSS	TSNDVSSSDF
EEGPSRKRPR	LQAQRKFAQS	QPNSPSTTPV	KIVEPLLPPP	ATQISDLSKR
KPKTEDFLTF	LCLRGSPALP	NSMVYFGSSQ	DEEEVEEEDD	ETEDVKTATN
NASSSCQSTP	RKGKTHKHVH	NGHVFNGSSR	STREKEPVQK	HKSKEATPAK
EKHSDHRADS	RREQASANHP	AAAPSTGSSA	KGLAATHHHP	PLHRSAQDLR
KQVSKVNGVT	RMSSLGAGVT	SAKKMREVRP	SPSKTVKYTA	TVTKGAVTYT
KAKRELVKDT	KPNHHKPSSA	VNHTISGKTE	SSNAKTRKQV	LSLGGASKST
GPAVNGLKVS	GRLNPKSCTK	EVGGRQLREG	LQLREGLRNS	KRRLEEAHQA
EKPQSPPKKM	KGAAGPAEGP	GKKAPAERGL	LNGHVKKEVP	ERSLERNRPK
RATAGKSTPG	RQAHGKADSA	SCENRSTSQP	ESVHKPQDSG	KAEKGGGKAG
WAAMDEIPVL	RPSAKEFHDP	LIYIESVRAQ	VEKFGMCRVI	PPPDWRPECK
LNDEMRFVTQ	IQHIHKLGRR	WGPNVQRLAC	IKKHLKSQGI	TMDELPLIGG
CELDLACFFR	LINEMGGMQQ	VTDLKKWNKL	ADMLRIPRTA	QDRLAKLQEA
YCQYLLSYDS	LSPEEHRRLE	KEVLMEKEIL	EKRKGPLEGH	TENDHHKFHP
LPRFEPKNGL	IHGVAPRNGF	RSKLKEVGQA	QLKTGRRRLF	AQEKEVVKEE
EEDKGVLNDF	HKCIYKGRSV	SLTTFYRTAR	NIMSMCFSKE	PAPAEIEQEY
WRLVEEKDCH	VAVHCGKVDT	NTHGSGFPVG	KSEPFSRHGW	NLTVLPNNTG
SILRHLGAVP	GVTIPWLNIG	MVFSTSCWSR	DQNHLPYIDY	LHTGADCIWY
CIPAEEENKL	EDVVHTLLQA	NGTPGLQMLE	SNVMISPEVL	CKEGIKVHRT
VQQSGQFVVC	FPGSFVSKVC	CGYSVSETVH	FATTQWTSMG	FETAKEMKRR
HIAKPFSMEK	LLYQIAQAEA	KKENGPTLST	ISALLDELRD	TELRQRRQLF
EAGLHSSARY	GSHDGSSTVA	DGKKKPRKWL	QLETSERRCQ	ICQHLCYLSM
VVQENENVVF	CLECALRHVE	KQKSCRGLKL	MYRYDEEQII	SLVNQICGKV
SGKNGSIENC	LSKPTPKRGP	RKRATVDVPP	SRLSASSSSK	SASSSS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, регуляторів хроматину, білків розвитку, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, диференціація клітин, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:6196 (англ.) . Процитовано 6 вересня 2017.
↑ UniProt, Q92833 (англ.) . Архів оригіналу за 31 серпня 2017. Процитовано 6 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 6

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма