SLX4

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
4M7C, 4UYI, 4ZOU

Ідентифікатори

Символи

SLX4, BTBD12, FANCP, MUS312, SLX4 structure-specific endonuclease subunit

Зовнішні ІД

OMIM: 613278 MGI: 106299 HomoloGene: 23770 GeneCards: SLX4

Пов'язані генетичні захворювання

Fanconi anemia complementation group P^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0010577 enzyme activator activity • endodeoxyribonuclease activity • crossover junction endodeoxyribonuclease activity • 5'-flap endonuclease activity • 3'-flap endonuclease activity
Клітинна компонента	• ERCC4-ERCC1 complex • нуклеоплазма • міжклітинні контакти • Holliday junction resolvase complex • клітинне ядро • теломера • гіалоплазма • Slx1-Slx4 complex
Біологічний процес	• nucleotide-excision repair • DNA recombination • positive regulation of t-circle formation • cellular response to DNA damage stimulus • DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing • реплікація ДНК • response to intra-S DNA damage checkpoint signaling • GO:0048554 positive regulation of catalytic activity • GO:0100026 Репарація ДНК • interstrand cross-link repair • resolution of meiotic recombination intermediates • double-strand break repair via homologous recombination • meiotic DNA double-strand break processing • telomeric D-loop disassembly • t-circle formation • negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


84464


52864

Ensembl


ENSG00000188827


ENSMUSG00000039738

UniProt


Q8IY92


Q6P1D7

RefSeq (мРНК)


NM_032444


NM_177472

RefSeq (білок)


NP_115820

NP_803423 NP_001389852 NP_001389853 NP_001389854 NP_001389855
NP_001389856 NP_001389857 NP_001389859 NP_001389860

Локус (UCSC)

Хр. 16: 3.58 – 3.61 Mb

Хр. 16: 3.98 – 4 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SLX4 (англ. SLX4 structure-specific endonuclease subunit) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 834 амінокислот, а молекулярна маса — 200 012^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MKLSVNEAQL	GFYLGSLSHL	SACPGIDPRS	SEDQPESLKT	GQMMDESDED
FKELCASFFQ	RVKKHGIKEV	SGERKTQKAA	SNGTQIRSKL	KRTKQTATKT
KTLQGPAEKK	PPSGSQAPRT	KKQRVTKWQA	SEPAHSVNGE	GGVLASAPDP
PVLRETAQNT	QTGNQQEPSP	NLSREKTREN	VPNSDSQPPP	SCLTTAVPSP
SKPRTAQLVL	QRMQQFKRAD	PERLRHASEE	CSLEAAREEN	VPKDPQEEMM
AGNVYGLGPP	APESDAAVAL	TLQQEFARVG	ASAHDDSLEE	KGLFFCQICQ
KNLSAMNVTR	REQHVNRCLD	EAEKTLRPSV	PQIPECPICG	KPFLTLKSRT
SHLKQCAVKM	EVGPQLLLQA	VRLQTAQPEG	SSSPPMFSFS	DHSRGLKRRG
PTSKKEPRKR	RKVDEAPSED	LLVAMALSRS	EMEPGAAVPA	LRLESAFSER
IRPEAENKSR	KKKPPVSPPL	LLVQDSETTG	RQIEDRVALL	LSEEVELSST
PPLPASRILK	EGWERAGQCP	PPPERKQSFL	WEGSALTGAW	AMEDFYTARL
VPPLVPQRPA	QGLMQEPVPP	LVPPEHSELS	ERRSPALHGT	PTAGCGSRGP
SPSASQREHQ	ALQDLVDLAR	EGLSASPWPG	SGGLAGSEGT	AGLDVVPGGL
PLTGFVVPSQ	DKHPDRGGRT	LLSLGLLVAD	FGAMVNNPHL	SDVQFQTDSG
EVLYAHKFVL	YARCPLLIQY	VNNEGFSAVE	DGVLTQRVLL	GDVSTEAART
FLHYLYTADT	GLPPGLSSEL	SSLAHRFGVS	ELVHLCEQVP	IATDSEGKPW
EEKEAENCES	RAENFQELLR	SMWADEEEEA	ETLLKSKDHE	EDQENVNEAE
MEEIYEFAAT	QRKLLQEERA	AGAGEDADWL	EGGSPVSGQL	LAGVQVQKQW
DKVEEMEPLE	PGRDEAATTW	EKMGQCALPP	PQGQHSGARG	AEAPEQEAPE
EALGHSSCSS	PSRDCQAERK	EGSLPHSDDA	GDYEQLFSST	QGEISEPSQI
TSEPEEQSGA	VRERGLEVSH	RLAPWQASPP	HPCRFLLGPP	QGGSPRGSHH
TSGSSLSTPR	SRGGTSQVGS	PTLLSPAVPS	KQKRDRSILT	LSKEPGHQKG
KERRSVLECR	NKGVLMFPEK	SPSIDLTQSN	PDHSSSRSQK	SSSKLNEEDE
VILLLDSDEE	LELEQTKMKS	ISSDPLEEKK	ALEISPRSCE	LFSIIDVDAD
QEPSQSPPRS	EAVLQQEDEG	ALPENRGSLG	RRGAPWLFCD	RESSPSEAST
TDTSWLVPAT	PLASRSRDCS	SQTQISSLRS	GLAVQAVTQH	TPRASVGNRE
GNEVAQKFSV	IRPQTPPPQT	PSSCLTPVSP	GTSDGRRQGH	RSPSRPHPGG
HPHSSPLAPH	PISGDRAHFS	RRFLKHSPPG	PSFLNQTPAG	EVVEVGDSDD
EQEVASHQAN	RSPPLDSDPP	IPIDDCCWHM	EPLSPIPIDH	WNLERTGPLS
TSSPSRRMNE	AADSRDCRSP	GLLDTTPIRG	SCTTQRKLQE	KSSGAGSLGN
SRPSFLNSAL	WDVWDGEEQR	PPETPPPAQM	PSAGGAQKPE	GLETPKGANR
KKNLPPKVPI	TPMPQYSIME	TPVLKKELDR	FGVRPLPKRQ	MVLKLKEIFQ
YTHQTLDSDS	EDESQSSQPL	LQAPHCQTLA	SQTYKPSRAG	VHAQQEATTG
PGAHRPKGPA	KTKGPRHQRK	HHESITPPSR	SPTKEAPPGL	NDDAQIPASQ
ESVATSVDGS	DSSLSSQSSS	SCEFGAAFES	AGEEEGEGEV	SASQAAVQAA
DTDEALRCYI	RSKPALYQKV	LLYQPFELRE	LQAELRQNGL	RVSSRRLLDF
LDTHCITFTT	AATRREKLQG	RRRQPRGKKK	VERN

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як пошкодження ДНК, репарація ДНК, рекомбінація ДНК, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

Nagase T., Kikuno R., Ohara O. (2001). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XXII. The complete sequences of 50 new cDNA clones which code for large proteins. DNA Res. 8: 319—327. PMID 11853319 DOI:10.1093/dnares/8.6.319
Nagase T., Nakayama M., Nakajima D., Kikuno R., Ohara O. (2001). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XX. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 8: 85—95. PMID 11347906 DOI:10.1093/dnares/8.2.85
Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з SLX4 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:23845 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.
↑ UniProt, Q8IY92 (англ.) . Архів оригіналу за 17 вересня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.